1、筛选。当种子中夹杂的虫瘿、茵核、针叶碎屑、活虫的数量比较多时，可用过筛的方法，清除其中夹杂的病虫。过筛时，根据种粒和被除物的大小、形状，选择筛孔适宜的筛子，才能达到要求。同时，还可以利用筛子旋转的物理作用，除去不饱满种粒以及其它杂物。
2、风选。带病种子或病原物往往较健康种子重量轻。所以，可以依靠风扇或自然风力将轻重不同的种子和病原物以及其它杂物分开。但需强调的是，用该法只能淘汰部分病种或病原物。
3、手选。种子量不多时，可以请有经验的人员通过肉眼或用放大镜观察，将病虫粒、茵核、虫瘿、瘪粒挑选出来。
4、水选。利用比重的原理，淘汰病粒、虫粒和其它夹杂物。常用清水选和盐水选。
①清水选：晴天干燥时，容器内放足水，倒人种子，搅拌之后，捞去浮在上面的轻种、杂质，然后捞出下沉的种子晾干。操作要迅速，以免病原物长时浸水而下沉，从而影响水选效果。
②盐水选：与清水选相比，能较完全地分出来残余物，选种结果较精细。盐水的浓度，应根据不同树种以及对处理的要求来决定。例如，对束慨种子可以用10％—20％的食盐水漂选；对柠条和皂荚种子，用0.5％ —1％的食盐水选种。盐水处理的时间不宜过长，否则会影响处理效果和种子发芽力。经过处理的种子，要用清水冲洗后充分晾干贮藏。
二、温水处理
利用温水的热量杀死附在种子表面以及潜藏在种子内部的病菌和害虫。使用该方法时要根据不同种子所要处理的对象，在杀死虫、菌而不伤害种子胚芽的情况下，采用恰当的温度。如对落叶松种子，先将球果放于30℃—40℃温水中浸泡10分钟，然后放在50℃—55℃的室内干燥3天—4天，待果鳞干燥后取出脱粒，可杀死其中的广肩小蜂幼虫；对刺槐种子，用80℃－100℃的热水烫种1分钟—3分钟，可杀死刺槐种子小蜂幼虫；对多花木兰种子，用80℃的热水浸种 1分钟—3分钟，可烫死种子内的多花木兰种子小蜂幼虫等等。温水处理过的种子，要及时晾干，贮藏待用。
三、药剂处理
1、药剂拌种。对有些种实害虫，可在种子堆上喷洒化学药剂，拌匀，杀死其中的病虫，也可用烟剂在仓库里熏蒸。
2、药剂浸种。常用的浸种药剂有福尔马林、高锰酸钾、硫酸铜、漂白粉、石灰水等，浸种时间和药剂浓度因种子和病原的不同而不同，需经过试验确定。例如对种实霉烂的种子用0.5％的高锰酸钾浸种15分钟－30分钟，然后再浸入40％的甲醛溶液中15分钟，取出后堆积2小时，用清水冲洗2次，可杀死其中病原。
3、药剂熏蒸。熏蒸是处理种子害虫的重要措施，主要用来防治害虫。常用的药剂有溴甲烷、氯化苦、磷化铝、二硫化碳和硫酰氟等。在室温下使一种或几种药剂气化，放出有毒气体，混合在空气中，达到一定浓度，使害虫中毒身亡。
四、微波处理 该法具有速度快、效果好、无残毒、操作简便等优点，但必须有专门的微波加热器。微波加热可以杀虫，也可以灭菌，使用时，根据不同的种子和病虫，采用适当的功率、温度和时间进行处理，达到灭虫灭菌而又不伤害种子发芽力的目的。如用功率0.5kw的微波加热设备，处理种子，每次处理500克—750克，温度60℃—70℃，经过45秒－60秒，对种子内的刺槐种子小蜂、紫穗槐豆蟓、柠条豆蟓都有100％的杀灭效果，而对种子的萌发和苗期生长均无不良的影响。